Barbakan został wzniesiony w 1548 roku według projektu Jana Baptysty Wenecjanina jako ostatni element i dopełnienie podwójnej linii murów miejskich. Został połączony z Basztą Prochową oraz Bramą Nowomiejską, tworząc tak zwaną Bramę Zakroczymską.
W 1939 roku w trakcie oblężenia Warszawy, barbakan oraz Starówka uległy zniszczeniu. Po wojnie, w latach 1952-1954 dokonano rekonstrukcji budowli. Prace prowadzone były na podstawie XVII-wiecznych rycin, użyto gotyckiej cegły z rozebranych kamienic w Nysie i Wrocławiu.