
Teren na którym obecnie znajduje się Kościół pw. Bożego Ciała został 15.09.1695 r. przekazany Zakonowi Jezuitów na założenie Kolegium. Darowizny jakie zostały przekazywane Zakonowi pozwoliły przystąpić do budowy Kolegium. Budynek został zaprojektowany przez włoskiego architekta Giulio Simonettiego.
Podczas wojny siedmioletniej z austriakami w kościele znajdował się szpital dla żołnierzy. Kościół został zniszczony przez pożar w 1715 r. a odbudowany w 1796 r.
W kolejnych latach obiekt służył wojskom francuskim na magazyn siana i stajnię, później na magazyn artylerii. Od 1833 do 1945 r. pełnił rolę kościoła garnizonowego. Został ponownie zniszczony w 1945 r.
W latach 1966-1985 ks. Zbigniew Kutzan odbudował części Kolegium przylegającej do kościoła. Urządził w nim salki katechetyczne, Dom Rekolekcyjny dla młodzieży, biuro parafialne i mieszkania dla księży.