Największe kolekcje w zbiorach Muzeum stanowią – zbiór cyny, numizmatów, zegary śląskie z doby uprzemysłowienia na Dolnym Śląsku oraz szkło unikatowe, ze szczególnym uwzględnieniem dorobku artystów działających na ziemi kłodzkiej po 1945 r. Interesującym zbiorem literatury regionalnej dysponuje biblioteka naukowa, przekształcana w ośrodek wiedzy i informacji o regionie.
WYSTAWY STAŁE
Kłodzkie Muzeum niemal od pierwszych miesięcy swojej działalności dokumentowało i gromadziło eksponaty związane z historycznym rozwojem kłodzkiego przemysłu szklarskiego od połowy XIV w. do lat dziewięćdziesiątych XX w. Głównym przedmiotem zainteresowania stało się jednak szkło artystyczne tworzone przez artystów wykształconych w Państwowej Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych we Wrocławiu. Trzon muzealnej ekspozycji tworzy ponad 205 unikatowych dzieł projektantów i artystów szkła mieszkających na ziemi kłodzkiej i działających w dolnośląskich hutach po roku 1945.
Celem wystawy jest zaprezentowanie ostatniego, fabrycznego i masowego okresu produkcji zegara mechanicznego. Na wystawie zgromadzono kilkaset zegarów, w tym wyroby dwóch największych fabryk dolnośląskich XIX i XX: Gustawa Beckera w Świebodzicach i braci Eppnerów w Srebrnej Górze.