Ogród został założony w 1818 roku na terenach Ogrodu Królewskiego w Łazienkach, które car Aleksander I udostępnił władzom Uniwersytetu Warszawskiego. Podzielony na trzy części, spacerową, naukową i sadowniczą ogród rozwijał się bardzo szybko. W ciągu kilkunastu lat zgromadził dużą kolekcję roślin. Już w 1824 roku znajdowało się tutaj ponad 10 tys. gatunków.
Nadrzędnym celem Ogrodu Botanicznego UW było i jest zachowanie różnorodności biologicznej, zarówno roślin dziko rosnących, jak i odmian stricte uprawnych. Od niedawna powstaje tu również pierwsza w Polsce kolekcja zagrożonych rodzimych odmian ozdobnych drzew, krzewów i roślin.
Niektóre z drzew sadzone były jeszcze ręką założyciela Ogrodu, Michała Szuberta. Do takich należy ogromny buk zwyczajny oraz przybyły tu z dalekich Chin, miłorząb dwuklapowy, którego liść w kształcie wachlarza stał się symbolem Ogrodu.
W Ogrodzie organizowane są też liczne wystawy tematyczne. Każdego roku w lipcu w ogrodzie odbywa się Festiwal Róż – plenerowa impreza rodzinna, w czasie której prezentowane są najnowsze licencjonowane odmiany róż oraz innych kwiatów ale też mają miejsce liczne konkursy i inne imprezy towarzyszące.