Zbudowany w XVII wieku jako królewska willa na przedmieściach Warszawy, był ulubioną siedzibą króla Jana Kazimierza i od jego imienia wziął używaną do dziś nazwę.
Stanisław August Poniatowski ulokował tu uczelnię dla szlacheckiej młodzieży i nadał jej nazwęSzkoły Rycerskiej. Kształcili się tu m.in.: Tadeusz Kościuszko, Julian Ursyn Niemcewicz, Józef Sowiński. W latach 1817-1831 Pałac był siedzibą Liceum Warszawskiego, do którego uczęszczał Fryderyk Chopin.