Jest to obszar uznany w 1947 r. za rezerwat ornitologiczny, a od 1976 r. dodatkowo za rezerwat biosfery. Ponadto został wpisany na światową listę biosfery UNESCO. Leży na terenie Mazurskiego Parku Krajobrazowego w Krainie Wielkich Jezior. Prowadzone są tu liczne badania ekologiczne i przyrodnicze w niedaleko położonej Stacji Terenowej Uniwersytetu Warszawskiego im. prof. Kazimierza Dobrowolskiego. Głównym celem utworzenia nad jeziorem rezerwatu była ochrona jednej z największych w całej Europie kolonii łabędzia niemego, której sprzyjają tutejsze warunki.
Jezioro Łuknajno położone jest 115 m n.p.m. Jego powierzchnia to 680 ha, a najgłębsze miejsce sięga 3 m, przy średniej głębokości 0,6 m. Jest to jezioro polodowcowe, dość płytkie, co spowodowane jest szybkim zarastaniem mulistego dna. Zbiornik ten łączy się wąskim kanałem z Jeziorem Śniardwy. Jezioro otaczają torfowiska, olszyny, zarośla wierzbowe oraz łąki.
Ze względu na dużą obfitość ryb w zbiorniku i jego płaską misę występuje tu wiele gatunków ptaków m. in.: perkozy, kormorany, czapla siwa, łabędzie i gęsi, wiele gatunków kaczek, gatunki drapieżne (orlik krzykliwy, orzeł przedni , błotniaki), mewy, rybitwy czy bekasy. Istny raj dla zainteresowanych ornitologią.
Aby chronić malownicze jezioro i jednocześnie dom wielu zwierząt obowiązuje tutaj bezwzględny zakaz żeglugi i wędkowania.