Siedzibą Oddziału jest historyczna brama, która od wschodu zamyka Długi Targ, a od strony Motławy strzeże Głównego Miasta.
Zielona Brama jest jedynym Oddziałem Muzeum, który nie posiada i nie gromadzi zbiorów. Dwa główne, reprezentacyjne pomieszczenia pełnią funkcję sal ekspozycyjnych, w których prezentowane są wystawy czasowe sztuki dawnej i współczesnej, polskiej i obcej. Stylowe wnętrza bywają również miejscem spotkań, konferencji i pokazów.